Nel 1619, una goletta pirata, la Sea Devil, catturò una nave mercantile spagnola chiamata Santa Susanna. Prima di raggiungere la sua destinazione, la Sea Devil fu colpita da una tempesta e naufragò sull'Isola Cutthroat non cartografata. Solo un membro dell'equipaggio riuscì a lasciare l'isola vivo, Fingers Adams. Prima di morire fece una mappa e la strappò in tre pezzi che consegnò ai suoi legittimi eredi. Nel 1688, nei panni della pirata Morgan Adams, che attualmente possiede un pezzo della mappa, il giocatore ha intrapreso una ricerca degli altri pezzi della mappa con la speranza di trovare infine il tesoro. Già ricercata dalla legge, Morgan dovrà combattere sia contro la legge sia contro coloro che detengono i pezzi della mappa.