Nazo Puyo, la modalità principale di gioco, vede il giocatore al compito di risolvere enigmi preimpostati. A differenza dei precedenti giochi di Nazo Puyo, il giocatore non riceve gli enigmi in modo lineare. Invece, al giocatore viene presentato un mondo hub in cui prende il controllo di Arle Nadja e riceve sfide da altri personaggi. Ogni personaggio ha un certo numero di enigmi propri, presentati al giocatore in modo casuale. Quando un numero sufficiente di enigmi di un personaggio è stato risolto, il giocatore viene dichiarato vincitore. Il fulcro del gameplay è simile ai precedenti giochi di Nazo Puyo: ogni enigma consiste in una griglia preimpostata, una condizione di vittoria e un set di Puyo che saranno messi a disposizione del giocatore. Una novità introdotta in Arle no Roux è un sistema di salute. Mentre i precedenti giochi di Nazo Puyo forniranno all'infinito coppie irrilevanti al giocatore una volta esauriti i Puyo assegnati, Arle no Roux farà fallire immediatamente il giocatore. Fallire un enigma farà diminuire la salute di Arle, la quale sarà raffigurata tramite l'espressione facciale come omaggio alla serie Madou Monogatari. Arle diventerà sempre più depresa man mano che il giocatore fallisce, e la perdita, quando il ritratto di Arle mostra i denti serrati, porterà alla fine del gioco. La salute di Arle si ripristina completamente quando un giocatore ottiene un aumento di livello, così come quando il giocatore risolve un numero sufficiente di enigmi per sconfiggere lo sfidante.