Nell'anno AW 1268, che si svolge nello stesso periodo di Phantasy Star II, il gioco mette i giocatori nei panni di un agente di Paseo. Egli riceve una lettera dal suo amico e scienziato, Ken Miller, che sta studiando sul pianeta ghiacciato Dezolis e lo invita a vedere un'invenzione nuova e importante. Una volta lì, il giocatore scopre che Ken e il suo dispositivo sono scomparsi, dando inizio a un'indagine.