South Island è stata tranquilla da quando è stato sconfitto Dr. Robotnik. Sonic, annoiato, decide di intraprendere un viaggio alla ricerca di altre avventure. Al suo ritorno, è scioccato nel trovare l'isola quasi deserta. L'unica traccia su dove fossero scomparsi tutti i suoi amici era che Tails fosse inseguito da Dr. Robotnik. Sonic lo insegue, ma è troppo tardi per salvare Tails. Sonic scopre che è stato rapito da Dr. Robotnik e che è detenuto in un luogo chiamato Crystal Egg. Il prezzo per il ritorno sicuro di Tails è costituito dalle sei Chaos Emeralds, da consegnare a sei nuovi robot boss. Così, Sonic parte per una missione per trovare le Chaos Emeralds e salvare Tails.