L'eroe di Ys è un giovane spadaccino avventuriero di nome Adol Christin. All'inizio della storia, è appena arrivato nella Città di Minea, nella terra di Esteria. È chiamato da Sara, una veggente, che gli parla di una grande minaccia che sta dilagando nella terra. Adol viene informato che deve cercare i sei Libri di Ys. Questi libri contengono la storia dell'antica terra di Ys e gli daranno la conoscenza di cui ha bisogno per sconfiggere le forze del male. Sara dà ad Adol un cristallo per l'identificazione e gli ordina di trovare sua zia a Zepik Village, che detiene la chiave per recuperare uno dei libri. Con ciò, la sua missione ha inizio.