Dopo la sua schiacciante sconfitta subita ai danni dei Battletoads sul Mondo di Ragnarok, la Dark Queen umiliata si è data al largo verso i confini dell'universo. Sono passati mesi... e la minaccia di vendetta della Dark Queen è diventata un ricordo lontano per il Professor T. Bird e i Battletoads - Zitz, Rash e Pimple. Tuttavia, quando un misterioso raggio energetico proveniente dallo spazio rende impotente la potenza militare della Terra, e una nave spaziale delle dimensioni di una città, chiamata Colossus, sbuca dalla luna, il Professor sa che deve trattarsi della Dark Queen e del suo ultimo piano per dominare la galassia. Ha ragione, naturalmente, ma ciò che non si rende conto è che la Dark Queen non si è lasciata scappare questa occasione questa volta, ed è astutamente alleata con lo Shadow Boss! Questo significa che i Battletoads dovranno combattere non solo la Queen e i suoi scagnozzi, General Slaughter, Big Blag e Robo Manus, ma anche Abobo e Roper, gli scagnozzi dello Shadow Boss! Quindi, è così, 'toads: la Dark Queen ha seri rinforzi e ora viene a conquistare la tua Terra - cosa ne farai? Innanzitutto le parti saranno PARI! Quei terrificanti gemelli, Billy e Jimmy Lee, noti anche come Double Dragon, sono prontissimi a entrare in azione, soprattutto perché lo Shadow Boss è il loro acerrimo nemico!