Ambientato nel 2641 d.C., cinque anni dopo le «Guerre Aliene», e tre anni dopo la morte di Black Viper e dell'Imperatore Demon Gava, cellule aliene custodite presso un centro di ricerca militare vengono rubate durante un attacco terroristico. La Contra Hard Corps, composta da Ray Poward, Sheena Etranzi, Brad Fang e Browny, è assegnata all'indagine. Scoprono che Major Bahamut è implicato, e che ha cospirato con il Dr. Geo Mandrake per creare un'arma biologica usando le cellule aliene rubate, come una forma di ricatto per rovesciare l'attuale governo. Grazie ai loro sforzi, la Contra Hard Corps riesce a sventare i piani di Major Bahamut e a riportare la pace ancora una volta.