Dottor Robotnik ha escogitato un piano per garantire che non resti alcun divertimento né musica su Mobius. Per farlo, rapisce i gioiosi cittadini di Beanville e li rinchiude in una gigantesca macchina robotizzante chiamata la Mean Bean-Steaming Machine per trasformarli in deboli schiavi robotici. In tutta Beanville, i fagioli scompaiono e vengono inviati alla Mean Bean Machine. Il giocatore parte per un'audace avventura per sconfiggere i tirapiedi di Robotnik e fermare Robotnik. Il gioco termina dopo uno scontro faccia a faccia con Robotnik, in cui la Mean Bean Machine viene distrutta e i fagioli sono liberati. La nemesi di Robotnik, Sonic the Hedgehog, non viene mai menzionato durante il gioco per salvare o aiutare il giocatore.