A differenza del primo gioco della serie, che era basato su missioni, e del secondo, in cui il tuo personaggio possedeva abilità uniche come osservare l'intero livello e crescere all'infinito in altezza, James Pond 3 è un classico gioco di piattaforma a salto e corsa. Pond può correre molto velocemente (tenendo premuto il pulsante A) attraverso livelli ampi, che spesso contengono pendii di montagna ripidi e altre zone difficili. Ancora una volta, deve opporsi al malvagio scienziato Maybe e ai suoi scagnozzi.