Alla fine di First Samurai, il Re Demone è riuscito a fuggire nel tempo nell'antico Giappone, così il nostro eroe lo segue indietro nel tempo e si ritrova di fronte a dieci livelli che lo attendono. A differenza dell'originale, ogni mondo è suddiviso in sottolivelli, con un boss alla fine di ognuno, enfatizzando l'aspetto arcade del gameplay, che continua a combinare hack and slash con la risoluzione di enigmi. Come nel primo gioco, all'inizio non hai armi ma puoi raccogliere spade e pugnali man mano che progredisci nei livelli. Ci sono molte sezioni nascoste man mano che avanzi, che ti sbloccano una porzione maggiore della sequenza finale, oltre a diversi minigiochi tra cui una modalità sparatutto.