Star Trek: Deep Space Nine - Crossroads of Time è un gioco d'azione-avventura in 2D basato sulla famosa serie TV. Giochi nei panni di Benjamin Sisko, comandante della stazione spaziale della Federazione Deep Space Nine. Quando la stazione è attaccata da terroristi bajorani, la tua missione per svelare il loro complotto ti porta da DS9 a Bajor, oltre il wormhole e persino nel tempo stesso. Muovendosi attraverso gli ambienti a scorrimento laterale di DS9 e di altri luoghi, Sisko deve portare a termine diverse missioni, come disinnescare bombe o salvare ostaggi. Se necessario, Sisko può usare un phaser per stordire i nemici. Per risolvere enigmi, può usare un tricorder e altri oggetti. La trama è spesso portata avanti interagendo con altri personaggi della serie TV.