Ambientata poco dopo Thunder Force, l'Impero ORN crea una potente nuova nave da battaglia, la Plealos (a.k.a. Preareos). Usando questa nave da battaglia, ORN attacca nuovamente la Galaxy Federation. L'esito degli attacchi provoca la distruzione del pianeta affiliato alla Galaxy Federation, Reda, e gravi danni sul pianeta Nepura (a.k.a. Nebula), che ORN alla fine conquista dalla Galaxy Federation. Alla fine, la Galaxy Federation scopre che ORN nasconde Plealos molto al di sotto della superficie di Nebula quando non è in uso e coglie l'opportunità per pianificare un'operazione per abbatterlo. Invia la prossima iterazione della loro serie Fire Leo di velivoli da combattimento, il FIRE LEO-02 Exceliza, per distruggere le basi ORN su Nepura e, infine, trovare e distruggere Plealos. Il giocatore controlla l'Exceliza e viaggia attraverso una varietà di livelli per raggiungere questo obiettivo. L'immagine di copertina della confezione Thunder Force II per Sega/MD/G, realizzata dall'illustratore Marc Ericksen, descrive l'attacco degli avanzati FIRE LEO-02 su Nepura utilizzando il loro armamento frontale e posteriore (in alto a destra).