La storia del gioco si svolge nell'anno 1797, cinque anni dopo gli eventi di Rondo of Blood e inizia con la sconfitta del Conte Dracula da parte di Richter Belmont, rispecchiando la fine del precedente gioco. Tuttavia, nonostante Dracula sia stato sconfitto, Richter scompare senza lasciare traccia. Castlevania risorge cinque anni dopo, e mentre non ci sono Belmont pronti ad assaltare il castello, Alucard, figlio di Dracula, si risveglia dal suo sonno autoindotto e decide di indagare su ciò che è accaduto durante il suo sonno. Nel frattempo, Maria Renard, cognata di Richter, entra anche lei in Castlevania per cercare Richter scomparso. Lei assiste Alucard diverse volte nel corso del gioco.