Panzer Dragoon Saga è ambientato circa trenta anni dopo gli eventi del primo Panzer Dragoon, e la sua storia inizia in uno dei siti di scavo dell’Impero: gli scavi archeologici dove gli Imperiali rinvengono le rovine e le tecnologie dell’Età Antica. Il protagonista è un giovane mercenario di nome Edge, che lavorava come guardia in questo sito di scavo, ma quando il sito fu attaccato da un comandante imperiale rinnegato di nome Craymen e dai suoi fedeli seguaci, Edge fu l’unico membro della sua squadra a sopravvivere. Lo scopo di Craymen era catturare una ragazza misteriosa trovata tra le rovine, che era stata tenuta in uno stato di animazione sospesa per migliaia di anni dalle tecnologie dell’Età Antica. Presunta morta e lasciata sul posto di scavo, Edge non desiderava altro che vendicare i suoi compagni caduti, e le sue preghiere furono esaudite quando fu salvato dal drago della leggenda. Salendo sulla schiena del drago, Edge partì alla ricerca di Craymen e della verità.