Il gioco ruota intorno a Jonathan Ingram, uno dei cinque "Policenauts", astronauti addestrati alla polizia, assegnati a garantire la sicurezza di Beyond Coast, la prima colonia spaziale completamente funzionante dell'umanità nel 2013. Johnathan testa una nuova tuta spaziale per camminare nello spazio, ma viene trascinato via nello spazio per errore e i suoi colleghi lo danno per morto. Viene trovato vivo e in buona salute 25 anni dopo grazie al modulo di sonno criogenico collegato alla tuta. Tre anni dopo, Jonathan (ora investigatore privato che opera nella ex Los Angeles) è visitato dalla sua ex-moglie, Lorraine, che chiede l'aiuto di Jonathan per risolvere la scomparsa del suo attuale marito, Kenzo Hojo; gli unici indizi che ha lasciato dietro di sé sono una foglia strappata, un insieme di capsule e la parola 'Plato'. Jonathan è riluttante ad accettare inizialmente quel caso, ma dopo che Lorraine esce dall'ufficio, viene aggredita e assassinata da un uomo in una tuta nera da motociclista. Jonathan, incapace di catturare il colpevole, decide di esaudire l'ultimo desiderio della sua ex-moglie e si dirige verso Beyond, dove si riunisce con il suo ex socio dai tempi del LAPD, Ed Brown, che accetta di aiutare Jonathan a indagare sulle circostanze relative alla scomparsa di Hojo e all'omicidio di Lorraine. Durante l'indagine, Jonathan ed Ed scoprono che Becker e Tokugawa sono stati coinvolti nella gestione di una rete illegale di traffico di droghe e di organi, creata per contrastare gli effetti negativi dell'essere nello spazio per lunghi periodi. Hojo era stato coinvolto nell'attività per salvare sua figlia, Karen, e in ultima analisi voleva uscirne, ma fu assassinato. Durante un confronto teso con Becker, Jonathan registra la confessione di Becker sullo schema e fa trasmettere in diretta la registrazione da Meryl, esponendo lo scandalo ai coloni. Ed salva Jonathan dalla morte, mentre Meryl e la polizia restante arrestano Tokugawa. Jonathan dona il midollo osseo a Karen dopo aver scoperto di essere suo padre biologico, e torna sulla Terra.