Gli eventi di R?MJ si svolgono nell'estate del 1999. Hajime e Tomowo corrono al S.T.G. Hospital dopo aver saputo che il loro amico Ryo era stato coinvolto in un incidente in moto sospetto, ma sono intrappolati nell'ospedale dopo che un'esplosione ha sigillato la loro uscita. Insieme ad Aya, un'infermiera che si prende cura di Ryo, Hajime e gli amici devono trovare una via d'uscita mentre un virus mortale minaccia di porre fine alla loro ricerca della libertà. C'è però qualcos'altro di strano in questo ospedale. Strani dipinti raffiguranti un'antica civiltà decorano i muri dell'ospedale. Qual è dunque l'Asmos Legend?