La trama del gioco è per lo più indipendente da Slayers Royal, fatta eccezione per l'apparizione del ragazzo elfo Lark. Contiene anche alcuni elementi dal film Slayers Gorgeous. Lina Inverse e Gourry Gabriev si recano nella remota cittadina di Dorutohaut dopo che Lina riceve una convocazione dalla gilda locale dei maghi. Una volta arrivati, parlano con il direttore della gilda locale, il quale indica che alcuni banditi hanno rapinato la chiesa locale e rubato un prezioso amuleto, e che Lina, apparentemente con l'aiuto di uno spadaccino biondo e di una strega dai capelli lunghi, ha sconfitto questi banditi. Lina e Gourry incontrano Naga the Serpent, ed è chiaro che Naga era la strega dai capelli lunghi di cui parlava Greg e che due individui hanno girovagato impersonando sia Lina sia Gourry. Arrivati alla chiesa, a loro viene promessa una ricca ricompensa se riusciranno a recuperare l'amuleto dagli impostori. Lina e Gourry accettano l'incarico e partono per trovare Naga. Nel mezzo della ricerca dell'amuleto, una misteriosa persona che si fa chiamare Alicia cerca di fermare i progressi del gruppo, affermando che l'amuleto non deve essere trovato senza fornire una spiegazione sul perché. Lina e Gourry, ora accompagnati da Naga, alla fine trovano l'impostore Lina, ma Naga si mette contro Lina e Gourry per reclamare la ricompensa per sé. Alla fine, Lina e Gourry riescono a reclamare l'amuleto e, di conseguenza, la ricompensa. A questo punto, il sacerdote della chiesa Robert spiega il vero valore di questo amuleto leggendario, affermando che è la chiave per aprire il sigillo delle cinque torri sparse per la terra, create molto tempo fa dal leggendario stregone Rei Magnus. Robert assegna quindi a Lina e Gourry il compito di scoprire quali segreti custodiranno queste torri. Tale compito si fa però più difficile poiché Naga, accompagnata dai due impostori, cerca di rivendicare il tesoro per sé, e Alicia appare periodicamente per ostacolare i progressi di Lina. Lungo il cammino, Lina e Gourry incontrano ancora Zelgadis, Amelia, Sylphiel e Lark, provenienti dal primo gioco di Slayers Royal, tutti in una missione per scoprire la verità dietro le cinque torri di Rei Magnus.