Il 6 giugno 1996 (1991 nelle versioni giapponesi), un'arma biologica nota come Lucifer-Alpha, in sviluppo a Chernoton, in Russia, viene rilasciata nell'atmosfera, causando la morte dell'80% della popolazione eurasiatica che a sua volta comporta la morte della metà della popolazione mondiale. L'area contaminata diventa inabitabile per un decennio, quando Lucifer-Alpha muta in una forma non letale. Questo tragico evento in seguito diventa noto come "la Catastrofe". Cinquanta anni dopo, nel 2047 (2042 nelle versioni giapponesi), una razza di forme di vita artificiali o bioroidi nota come "snatchers" cominciò ad apparire sull'isola artificiale Neo Kobe City, uccidendo le loro vittime e prendendo il loro posto nella società. Nessuno sa esattamente cosa siano o da dove vengano. Nei panni di Gillian Seed, un amnesico che lavora per un'unità anti-snatcher chiamata J.U.N.K.E.R., l'obiettivo del giocatore è rintracciare la fonte degli snatchers e scoprire i misteriosi legami di Gillian con loro. La storia è suddivisa in tre atti.