Millenni fa, l'uomo sacro noto nella storia come Toroah il Messia viaggiò ampiamente attraverso il continente di Sostegaria, diffondendo i suoi insegnamenti in tutta la terra. Dopo la sua morte, i suoi discendenti e eredi assunsero il potere politico assoluto sulla regione, formando la base della Holy Ashah Dynasty e governando attraverso una combinazione di dottrina religiosa e potere militare per millenni. I re e le regine della Holy Ashah Dynasty, tuttavia, non governarono sempre con saggezza o giustizia, e, col passare del tempo, i cittadini iniziarono a risentire del potere dei loro governanti. Quindici anni fa, questa crescente insoddisfazione trovò la sua espressione finale nella persona di Arris the Sage, che unì le disparate fazioni anti-regali in Sostegaria e le plasmò in un potente esercito di guerriglia. Sotto la furbissima leadership di Arris, questa Liberation Army riuscì a ingannare e superare la Royal Army, e finalmente sfondò fino al palazzo della Ashah Dynasty stessa, e lo bruciò al suolo. Con la monarchia dissolta, i ribelli istituirono un consiglio di governo fondato sui principi della democrazia e della sovranità popolare. Dalle ceneri dell'Holy Ashah Empire emerge la Repubblica di Ishtaria. I leader della rivoluzione naturalmente assunsero ruoli di vertice all'interno della nuova repubblica: tutti, cioè, tranne Arris in persona, che scomparve improvvisamente e da allora non è stato visto né sentito. Oggi la neonata repubblica è in condizioni sempre più precarie: il ministro della Difesa autocratico, Hel Spites, e la sua elite squadra anti-terrorismo, la Crimson Guard, usano una forza crescente per spazzare via le ultime tracce di resistenza al dominio ishtariano, mentre permettono agli fuorilegge di vagare per la campagna e ai pirati di solcare i mari. Nel frattempo, Ash Lambert e i suoi colleghi del terzo battaglione delle Ishtarian Security Forces iniziano a sospettare una cospirazione ai livelli più alti del governo. Gli sforzi di Ash per richiamare l'attenzione sulla situazione, però, suscitano solo l'ira dei cospiratori stessi, lasciando solo Ash e i suoi alleati per impedire i loro piani e ristabilire l'ordine nella nazione. Dopo i titoli di coda, è disponibile una scena aggiuntiva che mostra Eleni che sente il tema dell'ocarina di Ash mentre afferma che "lui" sia tornato.