Durante gli eventi del primo episodio, l'originale Virtua Cops, Michael "Rage" Hardy e James "Smarty" Cools hanno smantellato l'impero criminale di E.V.I.L Inc. Tre dei suoi capi, King, Boss e Kong, sono tutti nel penitenziario federale di massima sicurezza. E l'ultimo, quarto membro della banda E.V.I.L Inc., il terrorista internazionale Joe Fang, si crede sia stato ucciso in un incidente d'elicottero, anche se il suo corpo non è mai stato trovato. Dopo la caduta di E.V.I.L Inc., è stata avviata un'indagine approfondita sulle loro attività di mercato nero e di contrabbando d'armi nella Virtua City Bank. Lo scorso anno sembrava che la Virtua Squad avesse finalmente messo fine al regno della criminalità dello E.V.I.L Syndicate su Virtua City. I capi della banda erano tutti dietro le sbarre, in terapia intensiva o sepolti a sei piedi di profondità. E la Virtua City Police Special Investigations Unit ha avuto un nuovo membro: Janet Marshall, un'esperta in profilazione psicologica criminale. Poi i guai hanno iniziato a covare in luoghi improbabili... Il vicepresidente della Virtua City Bank è stato ucciso in circostanze losche che sono state ufficialmente definite "incidentali". E i conti gonfi dello ormai defunto E.V.I.L Syndicate, di cui si sospettava che fosse stato responsabile del riciclaggio, sono stati prosciugati da un giorno all'altro. I fondi mancanti ammontavano a più del PNL di molte piccole nazioni. Nel frattempo, dall'altro lato della città, gli allarmi interrompono la quiete e la calma dell'aria di Virtua City. Un audace raid diurno sul gioielliere più grande dello stato! E sul sito della nuova costruzione della metropolitana, c'è stato un insolito livello di attività inspiegabile che coinvolge del materiale dall'aspetto molto sospetto. Sembra che l'E.V.I.L sia rinato.