Wachenröder si svolge in un oscuro futuro sull'isola Edward, governata dal nobile e magnanimo Re Wizar (che è imprigionato dal malvagio primo ministro Vlad all'inizio del gioco). In questa storia alternativa, la potenza a vapore è molto sofisticata e la gente la tiene cara: veicoli, gadget o armi sono mossi dal vapore al posto dell'elettricità. Dalla costruzione di diverse strutture di trattamento delle acque reflue per la ricca classe superiore, i cittadini di Edoalds soffrono sempre di più di malattie causate da rifiuti pericolosi e da acqua potabile contaminata. Il giocatore assume il ruolo di Lucian Taylor, che è in cerca dell'Imperatore Duran, per vendicare la morte di sua sorella minore causata dalla malattia, di cui lo ritiene responsabile.