La storia del gioco si concentra su un gruppo di giovani provenienti dalla Terra che si ritrovano coinvolti in una guerra tra un gruppo di ribelli e un governo che controlla il sistema solare. Il gioco è ambientato in un futuro in cui la maggior parte dell'umanità è governata da un gruppo chiamato la Commune, che vive in una gigantesca stazione spaziale chiamata Ondina, in orbita attorno alla Terra, la quale sovrintende lo sviluppo e l'espansione dell'umanità in tutto il sistema solare. Un gruppo di ribelli chiamato l'Inverse, basato su Marte, si ribella contro ciò che ritiene un governo oppressivo. Le armi principali nel combattimento sono i caccia spaziali chiamati Cruise Chasers, che possono trasformarsi in giganteschi robot usando il sistema Blassty; vengono usati anche altri tipi di caccia spaziali. Il giocatore può scegliere se vince l'Inverse o la Commune, offrendo al gioco due finali differenti.