Neural Gear è un shooter a scorrimento pseudo-3D simile a Space Harrier. Nei panni di Emi T. Fonon, un soldato futuristico proveniente dagli anni successivi alla Quarta Guerra Mondiale, con un'armatura bio-energetica capace di volare indietro nel tempo e distruggere robot viaggianti nel tempo. Ogni livello torna a una data precedente e presenta nemici sempre più numerosi e potenti. Il gioco si controlla interamente con il mouse. Cliccando con il tasto sinistro si spara con l'arma principale: sfere di energia gialla, mentre cliccando con il tasto destro si utilizza un'arma secondaria, scelta all'inizio di ogni livello. Sono disponibili quattro tipi di armi secondarie: SPC, che spara potenti sfere di energia blu, Razzi, Missili Teleguidati e l'arma secondaria più potente del gioco, "???", che in realtà è una bomba capace di uccidere istantaneamente tutti i nemici sullo schermo, compresi i boss, ma che riduce di circa 500-600 punti di salute. Una caratteristica interessante di questo gioco è il sistema di salute. Il timer in alto sullo schermo funge anche da barra della vita e si riduce più velocemente quando si viene colpiti. I nemici arrivano in grandi gruppi, talvolta in formazioni, e uccidere venti nemici riempie il timer di 200 punti. Arrivare alla fine di un livello aggiunge una certa quantità di tempo al timer, a seconda del livello stesso.