Anno 2009 d.C.: L'umanità è nel mezzo di una guerra a tre fronti contro una razza di alieni umanoidi giganti divisi tra i Zentrans e Meltlans. Dopo aver eseguito un ripiegamento spaziale che ha spinto Macross e una parte di South Ataria Island ai margini del sistema solare, la fortezza spaziale Macross sta tornando sulla Terra. Durante una piccola schermaglia con le forze dei Zentradi, il giovane pilota Hikaru Ichijyo salva Lynn Minmay e la loro relazione si sviluppa mentre sono bloccati all'interno della nave. Ma poco dopo il ritorno a Macross City, Minmay viene catturata dai Zentradi, e Hikaru e l'ufficiale Misa Hayase finiscono di nuovo sulla Terra, solo per assistere alle conseguenze della distruzione della loro civiltà. Solo una canzone scoperta da ere remotissime, insieme alla voce di Minmay, può determinare l'esito della guerra.