La storia inizia sei mesi dopo la guerra contro i Divine Crusaders (DC) in Super Robot Wars II. La guerra ha lasciato il mondo in uno stato di grande disordine e caos, e United Nations era impotente. Per risolvere la crisi fu istituita la Earth Federation al posto delle United Nations. I membri della White Base furono riuniti e incaricati di mantenere la pace, ma furono forniti loro solo vecchi equipaggiamenti a causa della mancanza di energia disponibile. Mentre la Terra sembrava pacifica per un po', i casi di improvvise sparizioni delle truppe federali cominciarono a verificarsi frequentemente, e Londo Bell fu ordinato di indagare. Inizialmente si pensava che i residui di DC fossero responsabili, ma in seguito si scopre che la vera ragione delle sparizioni era una minaccia proveniente dallo spazio, un'invasione aliena come quella temuta da Bian Zoldark che potrebbe verificarsi. Inizia una nuova guerra, con le truppe di Londo Bell che combattono contro DC (ora guidata dalla Zabi family) e le forze aliene.