Ambientato nel 2064, la storia di Gun Hazard si svolge in tutto il mondo in un universo alternativo di Front Mission. All'inizio del XXI secolo, nazioni di tutto il mondo lottavano per il controllo delle risorse naturali. Con le risorse naturali che andavano esaurendosi, le nazioni del mondo si unirono infine per cercare una soluzione alla crescente crisi. Riconoscendo il potenziale dell'energia basata nello spazio, iniziarono lo sviluppo di un ascensore orbitale noto come «Atlas» nel 2024. Con il completamento dell'ascensore orbitale che si avvicinava, fu raggiunta una svolta nei reattori a fusione in miniatura. I paesi responsabili di Atlas iniziarono a interrompere lo sviluppo dell'ascensore orbitale e a perseguire la tecnologia dei reattori a fusione in miniatura. Lasciato incompleto, Atlas divenne un simbolo di sogni e speranze falliti mentre il mondo regrediva nuovamente in un mondo di conflitti. Uno di tali conflitti è il colpo di stato di Bergen nel 2064. La trama di Gun Hazard ruota attorno a un soldato basato a Bergen, in Norvegia, di nome Albert Grabner (i cui genitori risiedono a Eningen, Germania). Nel gennaio 2064, Ark Hellbrand dell'Esercito di Bergen mette in atto un colpo di stato nel tentativo di rovesciare il governo guidato dal Presidente Moss Orwen. Mentre le forze del colpo di stato iniziano a prendere il controllo del paese, il Presidente Orwen chiede assistenza al NORAD e a una fazione dell'Esercito di Bergen fedele a lui. Albert Grabner viene inviato a fare da guarda del corpo al presidente e lo aiuta a fuggire dal paese. Tuttavia, i due vengono infine catturati da Hellbrand. Albert fugge dalla prigione con l'aiuto di Brenda Lockheart, una mercenaria assunta dalla Kernelight Association. Dopo essere fuggiti da Bergen e aver raggiunto New York City, visitano la sede della Kernelight Association. Sperando di tornare a Bergen e salvare Orwen, Albert accetta di lavorare per la Kernelight Association per trovare alleati che possano aiutarlo a rovesciare Ark. Mentre i due lavorano per la gilda di mercenari e viaggiano verso paesi dilaniati dalla guerra in tutto il mondo, Albert inizia a vedere un collegamento tra i conflitti civili, il colpo di stato di Bergen e un'organizzazione nota solo come "The Society".