Hanjuku Eiyū è ambientato in un universo semi-comico chiamato Egg World, popolato da due nazioni: Hanjuku e Kanjuku, ovvero uova sode morbide e dure, rispettivamente. Tu assumi il ruolo del comandante dell'esercito Hanjuku, e il tuo obiettivo è guidarlo con successo attraverso una serie di eventi (chiamati "tales"), catturare castelli nemici e sconfiggere i boss dell'esercito Kanjuku. Questo è un gioco di strategia bellica in tempo reale. Il tempo di gioco è diviso in mesi, ogni mese richiede alcuni minuti di tempo reale. Controlli l'eroe e i suoi generali, ognuno dei quali comanda unità di fanteria. Invia i tuoi comandanti dell'esercito attraverso la mappa del mondo per catturare castelli nemici. Una volta che tutti i castelli sono stati catturati, appare una nuova costruzione sulla mappa, dove risiede il boss del livello, e il tuo obiettivo finale nel capitolo (tale) è sconfiggere questo boss. Una volta incontrato un nemico, si verifica una sequenza di combattimento automatica, che puoi interrompere assegnando comandi al tuo esercito. Anche gli eserciti di Hanjuku e Kanjuku possono evocare potenti creature chiamate Egg Monsters, che possono combattere contro un'intera armata o tra loro in combattimenti a turni. Ogni mese si verifica un "monthly event", come cambiamenti nel terreno, terremoti, ecc. Si verificano anche eventi casuali durante i quali puoi acquistare provviste per il tuo esercito.