Il gioco si svolge molti anni dopo Last Bible II. Le persone vivono in relativa armonia con le bestie. Nell'introduzione, un eroe di guerra di nome Alek Messena raggiunge i cancelli degli Inferi. Prima che crolli, dice che spera che il suo vecchio amico (Glen Larsford) sopravviva. Il giocatore inizia il gioco come Ciel, figlio di Glen. Ciel conduce una vita piuttosto tranquilla, giocando con i suoi amici e con suo fratello e va a scuola per imparare a usare la sua potente gaia (una forma sovrannaturale di energia). Occasionalmente, la gente menziona una devastante guerra, conosciuta come la Guerra Polisiana, che è terminata circa quindici anni fa. Ciel scopre che gli Stati Polisiani, che una volta erano in guerra (e ora uniti), stanno lavorando per diffondere la loro legge sul divieto di gaia e porre fine alla minaccia di guerra una volta per tutte. Alcuni compagni di classe di Ciel vivono negli Stati Polisiani, che fanno uso del Phelesteau, un motore perpetuo che fornisce energia gratuita a tutti nella città, con una condizione: che non rilascino mai la loro gaia entro i confini della città (o verranno gettati in prigione). Dopo che il suo villaggio è stato attaccato da soldati venuti per uccidere suo padre, Ciel è costretto a svelare il mistero di ciò che è successo tra Glen e la vecchia squadra di Alek, il motore Phelesteau e gli Stati Polisiani.