A Tokyo, nel 1996, un'invasione demoniaca e un colpo di stato orchestrato da un uomo misterioso trasformano la città nella "capitale demoniaca". Un gruppo di persone chiamato Partisan mette in scena una ribellione contro il nuovo governo, ma ben presto la situazione si aggrava. Quello che segue è una battaglia tra universi paralleli con il viaggio nel tempo come elemento chiave. Nei panni di Naoki, il giocatore prende decisioni che in ultima analisi determineranno come la crisi sarà risolta e con quali esiti.