Professor T. Bird li ha invitati lì per assistere alla prima dimostrazione del nuovo sistema di gioco di realtà virtuale della Psicone Corporation, T.R.I.P.S (Total Reality Integrated Playing System). Mentre mostra il mondo artificiale del sistema (intitolato "The Gamescape"), un maiale dell'apocalisse salta fuori dallo schermo e rapisce Michiko Tashoku (figlia del CEO della Psicone Corporation, Yuriko Tashoku). Zitz cerca di salvarla, ma viene colpito dal maiale e catturato anche lui. Il maiale scappa di nuovo nel Gamescape e Silas Volkmire appare sullo schermo, annunciando i suoi piani di trasformare il mondo reale nel proprio Gamescape, e che Michiko e Zitz sono tenuti prigionieri dalla malvagia Dark Queen. Con nulla da perdere, Rash e Pimple entrano nel Gamescape per salvare i loro amici e fermare Volkmire e la Dark Queen dal realizzare i loro piani. Lungo il cammino, affrontano Rocky, un gigantesco maiale di pietra, e corrono contro Scuzz, un topo che li mette alla prova per tutto il livello finale. I Battletoads raggiungono finalmente la Dark Queen nella sua torre e la sconfiggono, ma lei riesce a scappare di nuovo. Bird intercetta Volkmire sui suoi scanner e scopre che sta cercando di scappare usando un teletrasportatore, così i Battletoads lasciano lo Gamescape e saltano sul Battlecopter per inseguirlo. A seconda delle azioni del giocatore durante questo segmento finale di gioco, possono verificarsi due finali possibili. Se il giocatore non riesce a sparare tre missili al teletrasportatore di Volkmire, lui scappa via, e i Battletoads si sentono sconfitti sapendo che Volkmire è libero e che la Dark Queen vuole vendetta. Se il giocatore riesce a sparare con successo tre missili al teletrasportatore di Volkmire, la nave si schianta nell'Himalaya e viene recuperata, ma Volkmire non è rintracciabile. Allo stesso modo del primo finale, si allude al fatto che Volkmire e la Dark Queen vorranno vendetta.