I clan ninja Fuma e Koma, che vivono principalmente nell'oscurità, hanno perfezionato le arti segrete del ninjutsu e della magia nera. Anche se sembrano esseri umani comuni, possiedono una forza e un potere spirituale al di là della norma. Ogni clan è suddiviso in fazioni. Il clan Fuma è suddiviso in fazioni basate sul zodiaco cinese. Il clan Koma è suddiviso in fazioni per colore; composto dal bianco, dall’oro e dal drago rosso. Nel caso del clan Fuma, i membri di una determinata fazione non sanno nulla delle altre fazioni, se non che esistono e che le loro linee di sangue sono tagliate dal mondo esterno e destinate a decadere. Il clan Fuma possiede una forza estrema e un potere spirituale. Il loro dovere è proteggere il Santo Graal, che si dice possedere un potere in grado di distruggere il mondo. Fin dall’antichità, il malvagio clan Koma aveva complottato per distruggere il mondo usando il potere distruttivo del Santo Graal. Il clan Koma attaccò infine una fazione del clan Fuma e rubò il Santo Graal. Tuttavia non si accorsero che tra i feriti gravi, un uomo sopravvissse. Sull’orlo della morte, l’uomo a malapena vivo, noto come Hagane, fu riportato in vita da una tecnologia cibernetica avanzata realizzata da un misterioso vecchio di nome Momochi. Tuttavia, nessun corpo di Hagane sopravvisse tranne il suo cervello. Già potente ninja, ora possedeva l’incredibile potenza e velocità di un cyborg. Con questo potere, giurò di vendicarsi del clan Koma. Alla fine del conflitto e avendo distrutto il complesso del clan Koma, Hagane osserva la scena da una sporgenza rocciosa, soddisfatto. Il suo scopo compiuto, gli occhi luminosi di Hagane si spengono nel buio e egli muore. Mentre scorrono i titoli di coda, il tempo e la natura reclamano la sua figura seduta e la sua katana si arrugginisce, mentre un albero vicino cresce indisturbato dalla terra annerita.