Zero, che era tornato come cacciatore di irregolari, divenne il comandante dell'Zero Special Forces Unit e continuò a rastrellare irregolari insieme a X, che era attivo come comandante della 17th Elite Unit, e ad altri cacciatori nell'unità. Allo stesso tempo, Dr. Doppler, un repliloide di tipo scienziato, condusse una ricerca che rivelò che il computer virus "Sigma Virus" fosse la causa delle irregolarità, sviluppò un virus anticorpo speciale e propose che fosse iniettato nei repliloidi. Di conseguenza, il numero di irregolarità diminuì. Inoltre, Dr. Doppler dichiarò che avrebbe costruito "Doppeltown", una città pacifica in cui gli umani e i replicanti potessero coesistere, e ottenne il sostegno sia degli umani sia dei replicanti. Qualche mese dopo, tuttavia, Doppler e i suoi Repliroids, che erano stati esposti al virus anticorpo menzionato sopra, si ribellarono. Gli Irregular Hunters riconobbero Doppler e i partecipanti alla ribellione come irregolari, e X e Zero ricevettero l'ordine di entrare in azione.