Sono passati tre anni da quando Anubis ha subito la sconfitta per mano di Mike Anderson. È iniziata una nuova era di prosperità e, insieme ad essa, la rinascita di alcune delle grandi città della Terra. Ma altrettanto rapidamente quanto scomparve dopo la sua sconfitta, Anubis è riapparso per riprendere la sua tirannia. Di nuovo il giocatore deve unirsi a Mike e cercare di spezzare la ferrea tirannia di Anubis prima che possa di nuovo trascinare la Terra nell'epoca più buia. Successivamente, Anubis rivela che è solo una piccola parte di una minaccia molto più grande. Una razza di alieni chiamata Eltorians è venuta a conquistare la Terra, e il Sistema Solare deve essere difeso dalle loro forze avanzanti. Verso la fine della trama, emerge un'enorme astronave chiamata "Eltoria" in cui Mike deve recarsi per combattere Anubis.