Metal Warriors si svolge nell'anno 2102, in cui l'United Earth Government è assediato dalla forza militare Dark Axis guidata dal dittatore Venkar Amon, che ha dichiarato guerra al pianeta da tre anni sulla Terra; tuttavia il gruppo omonimo, equipaggiato con esoscheletri da combattimento robotici, è tra i pochi rimasti a difendere il pianeta. Assumendo il ruolo del tenente Stone,[4] i giocatori lo controllano attraverso una serie di missioni che inizialmente si svolgono nello spazio, con obiettivi quali salvare l'agente Marissa da Axis 5 e catturare sia una nave di rifornimento nemica sia una base di un asteroide pesantemente difesa, al fine di ottenere risorse vitali per il gruppo, con quest'ultima missione che si rivela sufficiente a promuovere Stone da tenente a capitano della sua squadra.[11] Tuttavia il loro recente successo attira rapidamente l'attenzione dell'esercito Axis, che attacca la nave principale del gruppo con fuoco nemico minaccioso che Stone e la sua squadra devono difendere con le unità Prometheus rubate.[11] Dopo l'ultimo evento, al gruppo viene affidato l'incarico di disattivare un cannone anti-spazio situato in Alaska per garantire un atterraggio sicuro per le operazioni aeree che alla fine porterebbero alla rimozione delle forze Axis dalla Terra. Dopo aver rubato la macchina volante sperimentale Drache da una struttura nella giungla in Cile, combattendo attraverso la Dorado, città bombardata, catturando installazioni minerarie Axis sotterranee e ottenendo una chiave di comando da una torre di comunicazione nemica, il gruppo raggiunge infine il centro di comando Axis, dove si vocifera che sia in costruzione una superarma, con Stone e la sua squadra a guidare l'assalto finale.[11][12][13][14] Una volta che Stone raggiunge le profondità del centro, affronta Venkar Amon e sconfigge la sua superarma in una battaglia tra esoscheletri volanti completamente mobili; tuttavia Amon cerca di fuggire con una tuta Nitro dirottata, ma muore incenerito accanto alla base. Stone fugge in sicurezza dall'esplosione, ma la sua tuta Nitro resta distrutta dopo l'atterraggio al suolo, segnando la fine sia per Dark Axis sia per la guerra.