Dopo una sequenza introduttiva in cui Pac-Man si presenta e spiega le meccaniche del gioco, la trama si sviluppa come una serie di disavventure poco collegate nate dalla missione di Pac-Man di portare a termine compiti per la sua famiglia, mentre i fantasmi e il loro misterioso capo tramano per distruggerlo. Pac-Man si procura presso la fattoria locale il latte per Pac-Baby. Qualche tempo dopo, Ms. Pac-Man chiede a Pac-Man di raccogliere un fiore speciale per Lucy, un'amica di Pac-Jr, per il suo compleanno. Pac-Man riceve un biglietto per il trolley che lo conduce nelle montagne vicine, dove vola in deltaplano e schiva fantasmi e massi mentre cerca il fiore. Al ritorno a casa con il fiore, Pac-Man è esasperato nel constatare che la festa di Lucy è già iniziata e che a Lucy è già stato consegnato un altro fiore. Qualche tempo dopo, Pac-Jr torna a casa piangendo e dice a suo padre che la sua chitarra è stata rubata dai fantasmi mentre era in Pac-City. Pac-Man riceve un biglietto del treno per recarsi in città, dove affronta venditori di palloncini scontenti e guardie di sicurezza scontenti per riottenere la chitarra. Nell'ultimo segmento del gioco, Pac-Man scopre da un servizio di notizie che i fantasmi stanno rubando la gomma ABC ai bambini di tutta Pac-City; a quel punto la Ghost Witch of Netor prende il controllo della trasmissione e sfida Pac-Man ad affrontarla insieme al suo Gum Monster appena creato. Si mette poi al lavoro per attraversare la fabbrica abbandonata dove viene creato il mostro. Il gioco culmina in una battaglia finale tra Super Pac-Man e il Gum Monster. Dopo la sconfitta del Gum Monster, la Ghost Witch e i suoi seguaci fuggono, e Pac-Man viene celebrato dalla città e dalla sua famiglia come un eroe, peccato che non abbia salvato la loro ABC gum. Durante il gioco, il giocatore può dirigere Pac-Man verso uno dei due sale arcade, dove è possibile giocare a una conversione dell'original Pac-Man (basata sulla versione NES, ma con grafica a 16 bit). Il giocatore può anche completare una missione secondaria opzionale raccogliendo tre pezzi di cartuccia mancanti. Una volta completato, si sblocca un gioco bonus nelle sale arcade: nella versione SNES il gioco bonus è Ms. Pac-Man, mentre nella versione Mega Drive/Genesis viene invece sbloccato un gioco esclusivo chiamato Pac-Jr. Pac-Jr. è un hack grafico e di livelli di Ms. Pac-Man, e non una conversione del gioco arcade non autorizzato Jr. Pac-Man. Questo è stato fatto perché una versione Genesis di Ms. Pac-Man era già stata rilasciata prima di questo gioco e Namco non deteneva i diritti su Jr. Pac-Man all'epoca.