Il malvagio Bydo Empire torna in questo capitolo della serie R-Type. Quindi sali sull'ultima navicella di R-Type, l'R-90, e attraversa sei livelli a scorrimento laterale nel tuo percorso per distruggere la nave madre Bydo. Il gameplay è ancora nello stile classico di R-Type, con livelli enormi e boss. Con l'unità laser staccabile, puoi sparare davanti o dietro la tua astronave. R-Type III ora presenta tre diversi tipi di unità laser, selezionabili all'inizio di una partita. Ogni unità offre tipi di laser differenti a seconda dei potenziamenti raccolti.