Il gioco inizia con l'USS Enterprise (NCC-1701-D) in orbita attorno a una gigante rossa vicino al margine della Neutral Zone (la stella influisce negativamente sui sensori Romulani, rendendo l'Enterprise non rilevabile). Sono a monitorare il confine in risposta all'aumento dell'attività Romulana; i Romulani hanno recentemente perso contatto con una nave in pattuglia della Neutral Zone. Starfleet aveva accettato di assistere in qualsiasi tentativo di indagine come segno di buona volontà. I Romulani rifiutano l'aiuto, e preferiscono gestire le cose da soli, il che naturalmente spinge Starfleet ad aumentare i pattugliamenti di confine. Non appena si inizia a giocare, l'Enterprise riceve un segnale di soccorso, trasmesso su tutte le frequenze. È stato inviato da una Dr. T'Laris, una geologa Vulcan stazionata su un pianeta nel sistema Codis Mu (Codis Mu VI), e nel messaggio ella segnala che il suo sito di scavo è stato recentemente attaccato dai Romulani, e che gli aggressori sono ancora presenti. L'Enterprise risponde al suo appello di aiuto e imposta una rotta verso il suo sito di scavo. Man mano che il gioco procede, il giocatore apprende di più sulla missione della nave Romulana scomparsa, e sull'IFD. L'Enterprise entra anche in contatto con una razza aliena nota come i Chodak, creature ostili simili a molluschi che costantemente avvicinano l'Enterprise mentre attraversa lo spazio conosciuto raccogliendo indizi sull'IFD. Vi sono anche riferimenti a una razza ora estinta chiamata Senatorious che fu l'ultima a possedere l'IFD; il motivo per cui è riemersa è che i Senatorious capirono che avevano usato l'IFD per il proprio vantaggio a scapito di tutte le altre razze, e decisero saggiamente di inviarlo diecimila anni nel futuro, nella speranza che le civiltà allora potessero mettere l'IFD a uso per il beneficio reciproco di tutte le razze. C'è anche un'ulteriore razza, gli Eunaciani scheletrici, che viene incontrata solo una volta e, dopo che l'Enterprise ripara la loro nave, raccontano a Jean-Luc Picard dei Trials dell'IFD e delle intenzioni degli Eunaciani di partecipare. Tuttavia, con la loro nave gravemente danneggiata, e il resto della loro razza che risiede nel Gamma Quadrant, affidano alla Federation il recupero dell'IFD e il suo uso oculato.