Una cicogna che porta i neonati Mario Brothers viene attaccata da Kamek il Magikoopa, che ruba Baby Luigi e fa cadere Baby Mario dal cielo. Baby Mario atterra su Yoshi's Island sulle spalle di Yoshi stesso. Con l'aiuto dei suoi altri sette amici Yoshi, Yoshi deve attraversare l'isola per riunire in sicurezza Baby Mario con suo fratello e portare i neonati ai loro genitori.