Il mondo acquatico di Mer è minacciato da Dark Water mortale. Prince Ren e i suoi compagni devono trovare i Treasures of Rule per controllare Dark Water e riportare Mer al suo antico splendore. Il malvagio pirate-lord Bloth è sempre alle calcagna: vuole trovare i tesori per governare Mer. Basato su una serie animata omonima, The Pirates of Dark Water è un gioco di picchiaduro a scorrimento laterale simile a Final Fight o Streets of Rage. Il giocatore sceglie un personaggio, tra Prince Ren e i suoi due compagni Tula e Ioz, che differiscono per forza e agilità, ma usano gli stessi attacchi di base. Ci sono due pulsanti di attacco, uno per attacchi veloci e combinazioni e uno per un singolo attacco pesante. Altri controlli includono: parare gli attacchi, afferrare e lanciare gli avversari, attacchi con scatto mentre si corre, e un attacco speciale che colpisce più nemici consumando energia vitale nello stesso tempo. La maggior parte dei livelli richiede anche di evitare ostacoli come abissi, massi che cadono o punte che spuntano dal terreno.