Immediatamente dopo gli eventi di Doom, il giocatore assume nuovamente il ruolo del marine spaziale senza nome. Dopo aver sconfitto l'invasione demoniaca delle basi lunari di Marte e tornato dall'Inferno, Doomguy scopre che anche la Terra è stata invasa dai demoni, che hanno ucciso miliardi di persone. Gli umani sopravvissuti all'attacco hanno sviluppato un piano per costruire enormi astronavi che porteranno nello spazio i superstiti rimasti. Una volta che le navi saranno pronte, i superstiti si preparano a evacuare la Terra. Sfortunatamente, l'unico spazioporto terrestre della Terra viene preso dai demoni, che vi pongono una barriera di fiamme, impedendo a qualsiasi nave di partire.