La trama è lineare ed è fornita principalmente dalle cutscene cinematografiche introduttive e finali. Dopo che il "Material Defender" (doppiato da George DelHoyo) ha distrutto tutte le miniere del Sistema Solare nel gioco originale, si ferma nella fascia di asteroidi per attraccare. Viene poi contattato dall'esecutivo Dravis della Post-Terran Mining Corporation, che sfrutta una clausola nel contratto per costringerlo ad accettare una nuova missione o a perdere la ricompensa e affrontare azioni legali. Il Material Defender acconsente, e mentre Dravis cerca di convincerlo che sta semplicemente intraprendendo una missione di ricognizione, la sua nave è dotata di un nucleo di warp prototipo. Viene quindi inviato a sgomberare le miniere di spazio profondo della PTMC oltre il Sistema Solare. Il Material Defender si teleporta su Zeta Aquilae e su altri cinque sistemi stellari fittizi e distrugge le loro miniere. Nel sesto sistema, l'ultima miniera sembra attraversare un planetoide, che nella scena finale si rivela essere una grande astronave. Dopo che l'astronave si rompe, il Material Defender avvisa Dravis del suo ritorno a casa, ma il suo motore a warp si guasta e si teleporta in una posizione sconosciuta. La telecamera sfuma quindi su quella posizione e la nave appare, gravemente danneggiata e crepitante di radiazioni in eccesso che si diffondono verso la telecamera, con la scritta "Continua..." visualizzata.