Le "shipgirls" sono ragazze che portano nei loro corpi le anime delle navi da battaglia del passato. Sono le uniche in grado di fronteggiare gli "abitanti delle profondità marine", un gruppo di navi ostili nate dal fondo del mare, e sono in battaglia per proteggere la gente e il mare. Tuttavia, sono state ferite o uccise di fronte alla schiacciante massa della flotta in acque profonde, e l'esito della guerra stava virando bruscamente. Nel bel mezzo di tutto questo, il cacciatorpediniere "Shigure" fu assegnato a una nuova flotta. La nuova flotta a cui è assegnata è la "First Ranger Unit" e la sua "Third Unit" (1YB3H). Tuttavia, la flotta era un "mish-mash" delle vecchie navi da battaglia "Yamashiro" e "Fusou", che erano state dispiegate nella retroguardia, e l'unica altra nave, l'incrociatore aeromobile "Mogami", nonché quattro cacciatorpediniere. Come parte di una missione per riconquistare la loro vita usando tutta la loro forza rimanente, Shigure e gli altri 1YB3Hs salparono verso lo stretto fatale, in una missione di diversivo per coprire la forza principale.