La storia di Advance Wars inizia nella modalità tutorial "Allenamento sul campo", con la nazione di Orange Star in guerra contro la nazione vicina Blue Moon, con Olaf come ufficiale comandante (CO) dell'Esercito Blue Moon. Olaf ordinò improvvisamente un'invasione della nazione Orange Star ed è in battaglia con l'Esercito di Orange Star. La campagna prosegue la storia iniziata nel tutorial. Nell', la leader de facto dei CO di Orange Star, assegna al giocatore il compito di consigliere tattico per l'Esercito di Orange Star. Il giocatore segue lo sforzo bellico attraverso tutti e quattro i paesi, con i loro CO, nel corso del gioco. Inizialmente, avendo a disposizione solo una scelta di CO da consigliare, Andy, il giocatore potrà scegliere altri due CO di Orange Star, Max e Sami, da consigliare man mano che la storia progredisce, ciascuno con i propri vantaggi e svantaggi. A seconda di quale CO venga scelto dal giocatore da consigliare, ci sono momenti in cui una missione è suddivisa in una scelta di due o tre opzioni, in cui le mappe e i dialoghi potrebbero essere differenti. Dopo aver completato quella missione, i percorsi narrativi potrebbero separarsi, a seconda di quale CO sia stato scelto in quella missione precedente, con la storia che si differenzia dall'altro percorso, tornando infine al percorso principale. Dopo aver vinto una battaglia contro Green Earth, Andy viene misteriosamente accusato dal CO di Green Earth, Eagle, di aver commesso un atto di aggressione traditore contro Green Earth. Dopo aver sconfitto le truppe della Blue Moon che avevano invaso il paese Orange Star, l'Esercito di Orange Star invade quindi il paese Blue Moon, sconfiggendo le loro truppe. I CO della Blue Moon, Olaf e Grit, si rivelano CO che un tempo lavoravano per l'Esercito Orange Star, ma si sono trasferiti a Blue Moon. Quando l'intenzione dell'Esercito Orange Star era semplicemente attraversare gli altri due paesi, Green Earth e Yellow Comet, i CO di tali nazioni, come Kanbei di Yellow Comet, hanno interpretato una minaccia di invasione e hanno dichiarato battaglie contro l'Esercito Orange Star nel loro territorio. Più avanti, il CO di Green Earth Drake dice a Eagle che l'Esercito Orange Star non ha attaccato Green Earth, affermando che "Questo intero conflitto è stato orchestrato sin dall'inizio." Nel frattempo, il CO di Yellow Comet Sonja e Grit cercano di scoprire chi sia davvero la persona dietro gli attacchi. Quando Eagle incontra di nuovo Andy, Eagle accusa di nuovo Andy di aver attaccato Green Earth, a cui gli CO di Orange Star alla fine convincono Eagle che non fu Andy ad attaccare Green Earth. Questo spiega perché le tre nazioni hanno dichiarato battaglie contro Orange Star, poiché pensavano che Andy li avesse attaccati per primi. Quando Eagle incontra Sonja, Sonja dice anche a Eagle che Andy non era dietro gli attacchi, affermando che era qualcun altro, e va con lei per vedere cosa ha scoperto. Si rivela che la misteriosa Black Hole Army, sotto il comando di Sturm, è il vero nemico. Usando un sosia CO di Andy, Sturm scatenò la guerra tra i quattro paesi per confondere, indebolire e, alla fine, conquistarli. Una volta che ciò viene rivelato, i quattro paesi si uniscono per scacciare Black Hole dal loro territorio, Cosmo Land, con i CO scelti automaticamente in base ai percorsi seguiti dal giocatore durante il gioco.