Diciotto mesi dopo gli eventi caotici di Batman: Arkham Asylum, sia Elizabeth Arkham Asylum for the Criminally Insane sia Blackgate Prison rimangono devastate, la prima in una massiccia fuga orchestrata dai detenuti, guidati dal Joker, e la seconda a causa di un incendio misterioso, che il Joker suggerisce sia stato provocato da lui per i suoi piani in Arkham Asylum. L'amministratore di Arkham, Quincy Sharp, candidato sindaco, presto approfitta della sconfitta di Batman contro il Joker ad Arkham e rivendica il merito di aver riportato l'istituto sotto controllo, forse affermando che Batman stava operando per suoi ordini. Questo è in parte per salvare la sua immagine, in rovina dopo la singola peggior rivolta all'Arkham Asylum che si è verificata in un momento cruciale quando Sharp stava cercando di convincere la gente di Gotham City a votarlo.