Ambientato nell'anno futuristico 2636, due anni dopo gli eventi di Super Contra (versione precedente rilasciata per il NES). I protagonisti Bill Rizer e Lance Bean sono chiamati ancora una volta contro un'invasione aliena. Sfruttando la tecnologia Super NES, in questo gioco la grafica è migliorata rispetto ai giochi precedenti. È considerato da molti il miglior gioco della serie Contra. Questo gioco offre molte armi: all'inizio hai una mitraglietta precisa ma molto debole; alcune delle armi sono missili, lanciafiamme, laser, colpi che raggiungono una vasta area, missili estremamente potenti, tra gli altri, ciascuna con i propri vantaggi e svantaggi. I boss del gioco sono un punto di forza di Contra III; sono molto spaventosi, grandi e ben realizzati, ognuno con una diversa abilità e con modi differenti per essere sconfitto, il che rende il gioco molto imprevedibile; non sai mai come sconfiggere quel boss, e morire in essi è quasi certo. Nella maggior parte delle fasi c'è anche un miniboss; è molto facile da sconfiggere. Il gameplay è eccellente, i comandi del joystick rispondono perfettamente, i personaggi sparano in qualsiasi direzione, si sdraiano a terra, saltano, scalano i muri, fanno quasi tutto. La grafica è eccellente e originale e gli alieni sono diversi da quelli a cui siamo abituati a vedere e hanno un aspetto terrificante.