I famosi fratelli Mario ritornano in questo seguito della divertente Superstar Saga. In questa avventura, la Principessa Peach parte per un viaggio in una macchina del tempo, ma al ritorno dentro c'è solo un mostro! I fratelli Mario viaggiano indietro nel tempo solo per scoprire che le malvagie forme di vita aliene note come gli Shroobs hanno preso il controllo del Regno dei Funghi, e nessuno è al sicuro! Ben presto si incontrano con le loro versioni più giovani, e partono per fermare la minaccia aliena, per non parlare di salvare la Principessa!