Una notte, cinque misteriosi Sky Crystals cadono sulla Terra. Mario ne scopre uno e lo mostra ai suoi amici con impazienza. All'improvviso arriva un invito a sorpresa da Bowser: “Ehi, polli! Sto organizzando una Big Bowser Bash per scusarmi di essere stato un tale rompiscatole!” Naturalmente, tutti sono diffidenti, ma la promessa di cibo gratis è troppo allettante per resistere. Si dirigono al Castello di Bowser, sperando in una festa, ma è una trappola. Bowser ruba lo Sky Crystal e usa un nuovo dispositivo chiamato Minimizer per rimpicciolire tutti fino a una dimensione minuscola. Con quattro Sky Crystals ancora mancanti, Bowser lancia gli eroi in miniatura verso i confini più lontani del regno per tenerli fuori dai piedi. La loro avventura ha inizio, di piccola taglia, in un mondo pieno di sfide gigantesche.