È l'anno 21XX. Mentre cercava una registrazione fossile, il dottor Cain, uno scienziato umano, ha scoperto una capsula contenente un robot del passato: Mega Man X. La capsula conteneva un messaggio di avvertimento del dottor Light, suo creatore: AVVERTIMENTO: "X" È IL PRIMO DI UNA NUOVA GENERAZIONE DI ROBOT CHE CONTIENE UNA CARATTERISTICA INNOVATIVA - LA CAPACITÀ DI PENSARE, SENTIRE E PRENDERE LE PROPRIE DECISIONI. TUTTAVIA QUESTA CAPACITÀ POTREBBE ESSERE MOLTO PERICOLOSA. SE "X" DOVESSE INFRANGERE LA PRIMA REGOLA DELLA ROBOTICA, "UN ROBOT NON DEVE MAI DANNEGGIARE UN ESSERE UMANO", I RISULTATI SAREBBERO DISASTROSI E TEMO CHE NESSUNA FORZA SULLA TERRA POTRÀ FERMARLO. CI VORRANNO CIRCA 30 ANNI PRIMA CHE SI POSSA CONFERMARE IN MODO SICURO LA SUA AFFIDABILITÀ. Sfortunatamente non vivrò per vedere quel giorno, né ho alcuno che possa portare avanti il mio lavoro. PERTANTO HO DECISO DI SIGILLARLO IN QUESTA CAPSULA, CHE ESAMINERÀ I SUOI SISTEMI INTERNI FINCHÉ LA SUA AFFIDABILITÀ SARÀ CONFERMATA. SI PREGA DI NON DISTURBARE LA CAPSULA FINO A QUEL MOMENTO. "X" POSSIEDE GRANDI RISCHI NONCHÉ GRANDI POSSIBILITÀ. POSSO SOLO SPERARE NEL MEGLIO. 18 SETTEMBRE 20XX T.LIGHT Il design di X interessò Cain, e lui analizzò le note del dottor Light. Mesi dopo, Cain fu in grado di creare robot simili a X, chiamati Reploids, e iniziò a essere prodotti in massa in tutto il mondo. Per motivi sconosciuti, alcuni Reploids cominciarono ad agire in modo strano e attaccarono gli esseri umani, venendo etichettati Mavericks. Per contrastare qualsiasi possibile minaccia, furono formati i Maverick Hunters. Sigma, un Reploid avanzato, fu designato come loro capo. X divenne anche un membro dei Maverick Hunters. Il tempo passa e i Maverick Hunters riescono a mantenere la pace, ma un giorno Sigma stesso divenne Maverick, unendosi ad altri Maverick Hunters per iniziare una guerra contro l'umanità. Sebbene X fosse per natura pacifista, dovette fare qualcosa, quindi si unì al nuovo capo dei Maverick Hunters, Zero, per fermare le ambizioni di Sigma e dei Mavericks.