Più di un secolo dopo la sconfitta di Sigma nella serie Mega Man X, fu istituito un nuovo governo chiamato Neo Arcadia per mantenere la pace. I leader di Neo Arcadia iniziarono a dare la caccia ai Reploidi etichettandoli ingiustamente come Mavericks. Ora l'unica speranza per il Reploid è un Reploid leggendario: il Red Hero chiamato Zero. Sentendo che i Reploidi venivano ingiustamente accusati, Ciel fugge da Neo Arcadia e crea una Resistenza contro Neo Arcadia. Il gioco inizia mentre Ciel e un piccolo gruppo di soldati della resistenza vengono braccati dai Pantheons e dai Golems. Alcuni soldati della resistenza restano indietro, ma non riescono a fermare la loro avanzata. Inseguita, Ciel raggiunge una porta enorme. Passy, la sua cyber-elfa, dice: «Sento una forte energia che emana da qui. Questo deve essere il posto.» Dopo di ciò, i soldati fanno esplodere la porta, e Ciel, Passy e Milan entrano nella stanza, con il corpo senza vita di Zero al centro della stanza, inattivo da 100 anni. Milan prova a toccarlo, ma viene respinto dallo scudo energetico che protegge Zero. Mentre cercano di capire come aggirare lo scudo, i Pantheons compaiono alla porta. Milan ordina a Ciel di correre e muore, colpito da uno dei Pantheons. Passy dice a Ciel: «Devi usare il mio potere. Non hai scelta.» Ciel riflette mentre i Pantheons si avvicinano sempre di più e acconsente tristemente. Il sacrificio di Passy rompe lo scudo energetico e riporta Zero in vita. Lui aiuta Ciel, e scopre che Mega Man X (anche se in realtà una copia) è colui responsabile della messa a riposo dei Reploidi innocenti.