È passato un anno da quando Zero ha sconfitto Copy X. Da allora ha trascorso il suo tempo vagando nel deserto, sconfiggendo onda dopo onda di Pantheons. All'inizio del gioco, Zero, stanco, si fa strada attraverso una tempesta di sabbia, avvolto in un mantello strappato. Quando le sabbie si placano, si rende conto di essere di nuovo inseguito dai nemici. Nonostante sia in rovina, con armatura incrinata e armi rotte (la sua asta e lo scudo inutili), il suo mantello viene scagliato al vento e la Buster Shot viene impugnata in difesa. Altrove, i tre membri sopravvissuti dei Four Guardians (Phantom si è autodistrutto nel tentativo di fermare l'assalto di Zero su Area X nel gioco precedente) hanno assunto il comando di Neo Arcadia, con Harpuia come leader. La morte di Copy X fu insabbiata, poiché gli umani lo veneravano come il loro salvatore. Harpuia lascia Neo Arcadia e incontra Zero dopo la sua battaglia nel deserto. Harpuia lo porta alla nuova Base della Resistenza, dove Zero viene riparato e riunito con Ciel e il resto della Resistenza, e incontra anche il loro nuovo comandante, Elpizo. Da sola nel suo ufficio, Ciel racconta a Zero dei cambiamenti avvenuti nell'anno in cui era scomparso, e gli ricorda anche il suo scopo ultimo di creare un nuovo sistema energetico. Lei gli mostra un Baby Elf, che è la base della sua ricerca attuale.